Il territorio di riferimento comprende i Comuni di Pozzuoli, Bacoli e di Monte di Procida e gli specchi d’acqua prospicienti, in cui sono ricompresi parte dell’area marina protetta di Baia e le aree marine protette del Parco Regionale dei Campi Flegrei (Isolotto di San Martino, Torre Fumo, Punta Pennata, Baia), appartengono al territorio anche i Siti di Interesse Comunitario (S.I.C.): Lago Lucrino, Lago d’Averno, Monte Nuovo, Capo Miseno, Isolotto di San Martino, Lago Fusaro, Lago Miseno e Foce di Licola. La superficie a terra di interesse per il FLAG Pesca Flegrea è di 60,30 Kmq.